SANTÉ AU TRAVAIL

Pour les employeurs

Un salarié peut-il être licencié pendant un arrêt maladie prolongé ?

12 septembre 2026 · Santé au Travail · Rédaction assistée par IA

Photo : Mikhail Nilov / Pexels

La question finit par atterrir sur tous les bureaux RH : un salarié est absent depuis des mois, les certificats médicaux continuent d'arriver, le poste est sous pression et personne ne sait quand — ni même si — la personne reviendra. Ce salarié peut-il être licencié ? La réponse courte est oui, mais les conditions qui rendent un tel licenciement légal sont précises, exigeantes et facilement mal gérées. Les ignorer transforme le licenciement en rupture abusive, exposant l'organisation à des conséquences juridiques et de réputation bien plus lourdes que le problème initial.

Cet article présente ce que les employeurs doivent comprendre, ce qu'ils sont tenus de faire et à quoi ressemblent les erreurs les plus fréquentes — avant qu'une décision irréversible soit prise.

Ce que signifie concrètement un 'arrêt maladie prolongé'

Il n'existe pas de définition universelle du nombre de semaines d'absence qui constituent un arrêt 'prolongé', mais dans la plupart des cadres légaux, le seuil à partir duquel des obligations renforcées s'imposent à l'employeur se situe entre quatre et douze semaines d'absence continue. Ce qui compte davantage que le calendrier, c'est la gravité de la pathologie, le caractère réaliste d'une date de retour et la question de savoir si la condition médicale peut être qualifiée de handicap au sens du droit applicable — car dans ce cas, un ensemble d'obligations tout à fait différent s'applique avant qu'un licenciement puisse être envisagé.

L'absence de longue durée est massivement causée par un ensemble de pathologies : troubles musculo-squelettiques (dos, articulations, lésions des tissus mous), troubles de santé mentale incluant dépression, anxiété et burn-out, pathologies neurologiques, traitements oncologiques, événements cardiaques et syndromes de fatigue chronique. La dimension santé au travail est ici déterminante : nombre de ces affections ont été causées ou aggravées par le travail lui-même, ce qui renforce la position du salarié et ajoute une couche supplémentaire d'obligations pour l'employeur.

Le principe juridique fondamental : l'aptitude, pas la faute

Dans la plupart des juridictions, licencier quelqu'un parce qu'il est malade n'est pas traité comme un licenciement disciplinaire — le salarié n'a rien fait de répréhensible. Le fondement légal, lorsqu'il existe, est celui de l'inaptitude : le salarié est dans l'incapacité d'exercer ses fonctions, sans perspective réaliste que cela change dans un délai que l'organisation peut supporter. Cette distinction est fondamentale. Un licenciement pour inaptitude exige une procédure radicalement différente d'une procédure disciplinaire. Traiter une longue absence comme une question de discipline — en infligeant des avertissements pour cause de maladie, par exemple — est l'un des moyens les plus sûrs de rendre un éventuel licenciement abusif.

Dans la plupart des cadres juridiques, l'employeur doit démontrer quatre éléments avant qu'un licenciement pour inaptitude soit considéré comme légal : que l'absence est réellement en cours et substantielle ; qu'une véritable enquête sur la situation médicale a été menée ; que l'employeur a envisagé tous les aménagements raisonnables ou alternatives au licenciement ; et qu'une procédure équitable a été suivie tout au long du processus, donnant au salarié la possibilité d'être entendu.

L'évaluation en médecine du travail : pourquoi elle n'est pas facultative

Obtenir une évaluation indépendante en médecine du travail n'est pas une formalité. C'est le fondement factuel sur lequel tout le reste repose. Sans elle, l'employeur prend une décision concernant la santé d'une personne sans la comprendre — et les tribunaux du travail traitent cela comme une faute procéduralement rédhibitoire dans presque toutes les juridictions.

Une évaluation correctement réalisée doit répondre aux questions suivantes : quelle est la situation clinique actuelle du salarié ? Existe-t-il un pronostic réaliste de guérison, et sur quel délai ? Le salarié peut-il reprendre son poste actuel, ou seulement un poste aménagé ? Des adaptations des tâches, du temps de travail, de l'environnement ou des équipements pourraient-elles rendre un retour possible ? La condition constitue-t-elle un handicap, déclenchant des obligations supplémentaires pour l'employeur ? L'évaluation doit être réalisée par un praticien qualifié en santé au travail — quelqu'un qui comprend à la fois le tableau clinique et les exigences concrètes du poste. Un courrier du médecin traitant du salarié est utile mais ne se substitue pas à une évaluation indépendante, car ce médecin n'a aucune connaissance des exigences du poste.

Une fois le rapport reçu, l'employeur doit agir sur ses conclusions de bonne foi. Commanditer un rapport puis ignorer ses recommandations — notamment lorsque des aménagements sont suggérés — est l'un des indicateurs les plus clairs d'un licenciement procéduralement abusif.

Les aménagements raisonnables : ce que les employeurs sont réellement tenus d'examiner

Avant qu'un licenciement puisse être envisagé, les employeurs de pratiquement toutes les juridictions sont tenus d'explorer si des aménagements raisonnables permettraient au salarié de reprendre le travail. 'Raisonnable' ne signifie pas 'facile' ou 'peu coûteux' — cela signifie proportionné à la taille de l'organisation et à la nature du poste. Les aménagements habituellement attendus incluent : une reprise progressive sur une période structurée, souvent quatre à huit semaines ; des horaires réduits ou aménagés, y compris un temps partiel ; la redistribution de certaines tâches que le salarié ne peut plus accomplir ; un reclassement sur un autre poste au sein de l'organisation qui corresponde à ses capacités ; la mise à disposition d'équipements spécialisés, d'adaptations ergonomiques ou d'outils d'assistance ; et des ajustements de l'encadrement ou de l'organisation du travail lorsque la pathologie affecte la concentration ou la communication.

L'employeur n'est pas tenu de créer un poste qui n'existe pas ou de supprimer les fonctions essentielles du poste. Mais le niveau d'exigence pour avoir véritablement exploré les alternatives est plus élevé que ne le supposent beaucoup d'employeurs. Envoyer une lettre demandant 'êtes-vous en mesure de reprendre ?' et ne recevoir aucune réponse positive ne constitue pas une exploration des aménagements. Un entretien en face à face — ou un appel formel si la présence est impossible — doit avoir lieu avant qu'une décision de licenciement soit prise.

La procédure qui doit être suivie

Même lorsque les preuves médicales sont claires et que les alternatives ont été sincèrement explorées, la procédure reste déterminante. Un salarié licencié sans avoir eu la possibilité de répondre aux préoccupations de l'employeur — y compris la possibilité d'un licenciement — disposera presque toujours de motifs pour contester ce licenciement sur la seule base procédurale, quelles que soient les conclusions médicales.

Le processus minimal dans la plupart des cadres juridiques comprend : maintenir un contact régulier, documenté et bienveillant avec le salarié absent tout au long de l'absence (et pas seulement au moment de la crise) ; tenir une réunion formelle de suivi d'absence où l'employeur expose sa position, partage les conclusions médicales et invite le salarié à s'exprimer ; autoriser le salarié à être accompagné d'un collègue ou d'un représentant lors de cet entretien ; communiquer clairement que le licenciement est envisagé et donner au salarié une véritable possibilité de proposer des alternatives ; et proposer un droit de recours contre toute décision de licenciement. La documentation de chaque étape n'est pas facultative — c'est ce qui protège l'employeur si la décision est ultérieurement contestée.

Quand le licenciement devient légal

Un licenciement pour inaptitude est plus susceptible d'être considéré comme légal lorsque tous les éléments suivants sont réunis : l'absence est prolongée et ne présente pas de terme clair sur la base de preuves médicales objectives ; l'évaluation en médecine du travail ne constate aucune perspective réaliste de retour dans un délai raisonnable ; toutes les alternatives envisageables ont été sincèrement examinées et jugées impraticables ; une procédure équitable et documentée a été suivie ; et le salarié a eu toutes les occasions de s'impliquer et de répondre. Même dans ce cas, le licenciement n'est jamais automatique — c'est l'aboutissement d'un processus, pas la réponse à une absence atteignant une durée particulière.

Les employeurs se concentrent parfois sur la durée de l'absence comme si elle constituait en elle-même le déclencheur. Ce n'est pas le cas. Un salarié absent depuis sept mois avec une trajectoire de guérison claire et une date de retour confirmée par la médecine du travail est dans une position très différente de celle d'un salarié absent depuis quatre mois souffrant d'une pathologie permanente ou indéfiniment évolutive. La durée est un paramètre parmi d'autres ; le pronostic, les possibilités d'aménagement et l'intégrité procédurale sont les autres.

Les erreurs fréquentes qui transforment une situation légale en situation illégale

Certaines situations reviennent régulièrement dans les cas où les décisions des employeurs sont ultérieurement jugées abusives. Supprimer brusquement les indemnités complémentaires sans préavis, puis traiter la pression financière qui en résulte pour le salarié comme la preuve qu'il 'choisit' de ne pas revenir, est manipulatoire et sera perçu comme tel. Prendre la décision de licencier avant de recevoir le rapport de médecine du travail — puis traiter ce rapport comme une justification après coup — est procéduralement indéfendable. Ne pas reconnaître qu'une pathologie peut constituer un handicap parce qu'elle 'n'en a pas l'air' ignore le fait que de nombreuses pathologies de santé mentale, syndromes douloureux chroniques et conditions épisodiques bénéficient d'un plein statut de handicap dans la plupart des cadres juridiques. Et utiliser une politique de gestion des absences comme raccourci — déclencher un licenciement parce qu'un seuil déclencheur a été atteint sans procéder à l'évaluation individuelle que la situation exige — figure parmi les approches les plus fréquemment contestées dans le contentieux prud'homal.

Le rôle de la santé au travail dans la protection des deux parties

La médecine du travail se trouve au centre de chaque situation d'absence prolongée bien gérée. Non pas parce qu'elle offre une voie vers le licenciement, mais parce qu'elle fournit des faits : un tableau clinique clair, un pronostic réaliste et un ensemble de recommandations que l'employeur et le salarié peuvent utiliser pour prendre des décisions éclairées. Lorsque la médecine du travail est impliquée tôt et de manière continue — et non convoquée uniquement lorsqu'un licenciement est envisagé — les résultats s'améliorent pour toutes les parties. Les salariés reprennent le travail plus tôt et de façon plus durable. Les employeurs prennent des décisions fondées sur des preuves plutôt que sur la frustration. Et le processus, s'il aboutit finalement à un licenciement, est manifestement équitable.

Health at Work propose des évaluations indépendantes en santé au travail spécifiquement conçues pour apporter aux employeurs et aux salariés la clarté dont ils ont besoin dans les situations d'absence prolongée — notamment des rapports d'aptitude au travail, des recommandations d'aménagement et une planification de reprise progressive. Une orientation précoce produit presque toujours de meilleurs résultats qu'une orientation tardive, pour les deux parties à la relation de travail.